Малформациите на централната нервна система са едни от най-честите от всички малформации при децата. Те са причина за 75% от феталната смъртност и за 40% от смъртността през първата година от живота.

Малформации, свързани с развитието на невралната тръба.
Те се формират през 25-29 гестационен ден и са резултат на незатваряне на невралната тръба. Най-честите причини са йонизиращата радиация, захарен диабет на майката, дефицит на витамин А, на фолиева киселина.
Spina bifida occulta е един от най-честите дефекти, обикновено не дава симптоми или се вижда хиперпигментация на кожата над нея, окосмяване и не винаги дермален синус. При рентгенография се установява незатваряне на дъгите на прешлените на ниво L5-S1. При скрит спинален дисрафизъм има освен spina bifida occulta и неврологична симптоматика – долна вяла парапареза, трофични нарушения, деформация на стъпалата и тазоворезервоарни нарушения. Възможна е неврохирургична корекция със затваряне на дефекта.
Spina bifida aperta e комбинирана малформация, ангажираща гръбначния мозък, неговите коренчета и обвивки, задната стена на вертебралния канал и покриващите го меки тъкани. Честотата е 2-3 на 1000 живородени деца. На мястото на дефекта се установява подутина с различен размер. При менингоцеле в протрузията се съдържат само мозъчни обвивки, а при менингомиелоцеле има и части от гръбначния мозък. Най-тежката степен на менингомиелоцеле е рахисхизис, при който се открива неврална плака на нивото на околните тъкани. Най-честа локализация на spina bifida aperta е в лумбосакралния отдел. Наблюдават се парези, отпадни сетивни симптоми, тазоворезервоарни нарушения. Своевременното хирургично лечение при менингомиелоцеле е наложително, тъй като 85% от неоперианите деца загиват още през първата година поради уроинфукция или менингит.
Аненцефалия. Тя е резултат на аномалия в предния край на невралната тръба. Налице е пълна или почти пълна липса на главен мозък, което се съчетава и с неразвитие на черепните кости. Тези деца се раждат мъртви или живеят кратко.
Енцефалоцеле. Дължи се на незатваряне на предните части на невралната тръба и е с окципитална или фронтална локализация. Освен подутината се установява двигателен, интелектуален и зрителен дефицит. Съчетава се с други малформации на нервната система.
Малфрмации, свързани с дефекти на постмиграционния стадии.
Хидроцефалия. Характеризира се с увеличаване на количеството на ликвора и разширяване на вентрикулната система. Различават се два вида хидроцефалия: а) комуницираща – разширение на всички вентрикули с нарушена ликворна резорбция в базалните цистерни и пахионовите гранулации или в резултат на увеличена ликворна продукция. Тя се дължи най-често на вродени инфекции на ЦНС. б) некомуницираща – при запушване на ІІІ и ІV вентрикул при различни процеси. Страничните вентрикули са силно разширени. И при двата типа хидроцефалия протичането може да бъде прогресиращо и сравнително стационирано. При кърмачета вродената хидроцефалия се проявява с увеличена обиколка на главата, повръщане, сънливост или възбуда. Неврологично може да има централна квадрипареза и малкомозъчна симптоматика. При по-големите деца се изявява синдром на повишено интракраниално наляане.
Хидраненцефалия. Мозъчната кора е рудиментарна, почти липсват мозъчни хемисфери. Веднага след раждането се установява спастицитет в крайниците и гърчове. Откриват се огромни кухини с цереброспинална течност, обградени от тънка мембрана и рудиментарни участъци от неразвита мозъчна тъкан.
Микроцефалия. Обиколката на главата на детето е повече от две стандартни отклонения под средната норма за съответната възраст. Най-често се дължи на пренатална увреда (лъчеви въздействия, инфекции, диабет и алкохолизъм на майката). При децата има забавено развитие, гърчове, центрълна квадрипареза, дискоординационен синром.